Der Unterlauf des WürzenBACH ist in einem schlechten Zustand. Die Ufer sind mehrheitlich verbaut und ökologisch fast ausnahmslos in einem ungenügenden Zustand. Viele Uferabschnitte sind belastet. Entlang des Ufers wuchern invasive Neophyten. Der Stollen für die Entlastung bei Hochwasser sorgt dafür, dass zu wenig Wasser durch den WürzenBACH fliesst. Der Bach kann deshalb seine natürlichen Funktionen nicht wahrnehmen. Für Kleintiere, Amphibien und Reptilien bietet er nur ungenügend Lebensraum. Zahlreiche Hindernisse erschweren die Wanderung der Fische. Die Mündung ist von einem natürlichen Delta weit entfernt. Der Geschiebehaushalt, ein wichtiger Aspekt für Fliessgewässer, ist wesentlich beeinträchtigt.

Die Abwasserreinigungsanlage (ARA) Udligenswil beeinträchtigt die Qualität des Wassers. Sie erfüllt die gesetzlichen Voraussetzungen für die Einleitung von Abwässer nicht mehr (und soll bis 2021 aufgehoben werden). Zusätzlich wird die Wasserqualität von den Entlastungen der Kanalisation und Entwässerungen der Strassen verschlechtert. Der biologische Zustand des Bachwassers wurde zuletzt in den Jahren 2010 und 2014 erhoben. Bei den Wasserwirbellosen waren die Ergebnisse “unbefriedigend” (Stufe 4 von 5; 2010) bzw. “mässig” (Stufe 3 von 5; 2014). Der äussere Aspekt des WürzenBACH musste zweimal  als “fraglich” beurteilt werden. Die Untersucher stellten Schaum, Eisensulfid und Kolmation (Überflutung des Geländes mit stinkstoffhaltigem Wasser) fest.